بومی‌ها     مدت‌ها پیش از فتح منطقه توسط امپراتوری اینکا در این ناحیه سکونت یافتند. بدلیل جنگ‌ها و ازدواج‌ها با ملل مختلفی که ساکن دره‌های رشته کوه آند بودند، این ناحیه بخشی از قلمروی امپراتوری اینکاها شد. آتاهوالپا یکی از پسران امپراتور اینکا هواینا کاپاک در شهر کیتو متولد شد. با این وجود از آنجاکه امپراتور پسر دیگری بنام هاسکارداشت که در کوسکو یایتخت امپراتوری اینکا متولد شده بود، تاج پادشاهی به وی نرسید. بنابراین امپراتوری به دو قسمت تقسیم شد: آتاهالپا فرمانروایی قسمت شمالی را که مرکز آن کیتو بود دریافت کرد و هاسکار قسمت جنوبی را که مرکز آن کوسکو بود به ارث برد. در سال 1531 فاتحان اسپانیایی با فرمانروایی فرانسیسکو پیزارو وارد امپراتوری اینکاها شدند که بدلیل چنگ‌های داخلی بسیار ضعیف شده بود. آتاهوالپا به دنبال اتحاد با اسپانیایی‌ها برای غلبه بر هاسکار بود تا فروانروایی کل امپراتوری اینکاها را بدست گیرد. اما اسپانیایی‌ها خود قصد تصرف داشتند و بنابراین در قلعه‌ای نظامی در کاجامارکا استقرار یافتند و در نبرد کاجامارکا آتاهالپا را اسیر کرده و وی را گروکان گرفتند. وی در سلولی پر از طلا که مانع فرار او می‌شدند اسیر بود. در مدت اسارت، آتاهوالپا برنامه‌ای برای کشتن نابرادری خود در کوسکو طرح کرد. صحنه برای غلبه? اسپانیایی‌ها بر کل امپراتوری اینکاها آماده بود. با وجود اینکه اسپانیایی‌ها در محاصره? اینکاها بودند؛ آتاهوالپا را اعدام کردند. اسپانیایی‌ها برای فرار از محاصره? قلعه، تمامی توپ‌های خود را شلیک کردند و از میان اینکاها گریختند. در سال‌های بعدی اسپانیایی‌ها در پرو به قدرت رسیدند.

عده افراد بومی در دهه‌های اولیه? حکومت اسپانیایی‌ها بدلیل بیماری رو به کاهش نهاد؛ زمانی که بومی‌ها مجبور به کار کردن در سیستم کاری «انکومیاندا» برای اربابان اسپانیایی بودند. در سال 1563، کیتو بخشی از ناحیه? دولتی "audiencia" اسپانیا و محل حکومت نایب پرویی شد که پایتخت آن لیما بود.

پس از حدود 300 سال از استعمارگری اسپانیایی‌ها، کیتو شهری با حدود ده هزار نفر جمعیت بود و در سال 1822 بود که اکوادور بهجمهوری گرن کلمبیایی سیمون بلیوار ملحق شد و در سال 1830 جمهوری‌ای مستقل شد.

در قرن نوزدهم، اوضاع ناحیه ناآرام بود و فرمانروایان یکی پس از دیگری به سرعت می‌آمدند. گابریل گارسیا مورنو در دهه? 1860 با پشتیبانیکلیسای کاتولیک رم کشور را متحد ساخت. در اواخر دهه? 1800، تقاضای جهانی برای کاکائو باعث وابستگی اقتصاد به صادرات کالا شد واین شرایط باعث مهاجرت به مناطق حاصلخیز ساحلی شد.

یک انقلاب آزادی‌خواه در نواحی ساحلی تحت رهبری الوی آلفارو در سال 1895 باعث کاهش قدرت روحانیت شد و این حزب آزادی‌خواه تا زمان کودتای نظامی سال 1925 همچنان قدرت داشت. در دهه‌های 1930 و 1940 سیاست‌مداران مردمی مانند رئیس جمهور جوزماریا ولاسکو ایبارا که در پنج دوره ریئس‌جمهور بود نقشی پراهمیت داشتند.

اختلاف بر سر حکومت بر قلمرویی در آمازون باعث ایجاد اختلافی طولانی مدت بین اکوادور و پرو شده‌است. در سال 1941، یا تشدید اختلافات بین دو کشور جنگ در گرفت. پرو ادعا می‌کرد که حضور نظامی اکوادور در قلمرویی که پرو مدعی آن است در واقع حمله به خاک پرو است و اکوادور نیز همین ادعا را در مورد پرو داشت. در ژوئیه سال 1941 سربازان به حرکت درآمدند. پرو دارای نیروی نظامی متشکل از یازده هزار و 681 سرباز بود، در حالیکه اکوادور تنها پنج هزار و 300 نیروی نظامی غیر ماهر و گسسته داشت که هزار و 300 تن از آنها در نواحی جنوبی کشور استقرار یافته بودند. در پنج ژوئیه سال 1941، با عبور نیروهایی پرو از برخی محل‌های مرزی اکوادور برای بررسی توان نظامی نیروهای مرزی این کشور درگیری بالا گرفت. در نهایت در 23 ژوئیه 1941، نیروهای پرو از مرز اکوادور در رودخانه? زارومیلا گذشتند و رسماً حمله? خود را به ناحیه? ال‌اوروی اکوادور آغاز کردند. در این جنگ پرو تمامی نواحی مورد ادعای اکوادور و همچنین ناحیه? ال‌اورو و قسمت‌هایی از ناحیه? لوجا (حدود 6? کشور) را تصرف کرد و خواستار صرف‌نظرکردن اکوادور از نواحی مورد ادعایش شد. نیروی دریایی پروبندر گوایاکیل را در اختیار گرفت و بدین‌ترتیب مانع تامین تجهیزات مورد نیاز نیروهای اکوادور شد. پس از چندین هفته از جنگ، با فشار آمریکا و چندین کشور آمریکای لاتین جنگ متوقف شد. اکوادور و پرو در 29 ژانویه? سال 1942 رسماً تفاهم‌نامه ریو را به نفع اتحاد نیمکره در مقابلنیروهای کشورهای محور در جنگ جهانی دوم امضاء کردند. در نهایت بدلیل پیروزی پرو نواحی مورد اختلاف به این کشور داده شد. پیش از اتمام کامل اختلافات دو جنگ دیگر اتفاق افتاده بودند. "رجوع کنید به جنگ پاکیوشا و جنگ سنپا.

از جمله مهم‌ترین عوامل در بی‌ثباتی دموکراتیک اکوادور ظهور جمعیت بومی به عنوان جزئی فعال در دولت بود. این افراد بدلیل ناتوانی دولت در تحقق وعده‌هایش در مورد اصلاحات ارضی، بیکاری و استثمار مالکان زمین نسبت به دولت بدبین بودند. نهضت آنها به همراه حرکت‌های مشابهِ چپ‌گراها و طبقه? ممتاز باعث کاهش توان نهاد اجرایی شد. بخش عمومی و سایر بخش‌های دولت سرمایه? سیاسی کمی در اختیار رئیس‌جمهور قرار می‌دادند، همانطوریکه در زمان عزل رئیس‌جمهور لوسیو گوتیرز در آوریل 2005 در کنگره? اکوادور اتفاق افتاد. آلفردو پالاسیومعاون رئیس‌جمهور جای او آمد و تا زمان انتخابات عمومی اکوادور 2006 در 2006 روی کار ماند، که در ابتدا برنده‌ای نداشت، تا زمانی که در26نوامبر در انتخابات نهایی رافائل کوری بر آلوارو نوبا پیروز شد.